Smadav dapat digabungkan dengan Antivirus lain manapun sehingga Smadav dapat menjadi lapisan pertahanan kedua dan bekerjasama dengan Antivirus tersebut. Ini berbeda dengan antivirus lainnya yang sebagian besar tidak dapat berjalan sempurna ketika ada antivirus yang sudah terinstall di komputer tersebut. Dan pada umumnya akan terjadi bentrok antara 2 antivirus yang di-install dalam satu komputer. Ini tidak terjadi pada Smadav, karena Smadav menggunakan teknik yang berbeda dari antivirus lainnya dalam melindungi komputer dari serangan virus. Dalam satu komputer, 2 Antivirus tidak dapat digunakan bersama ketika proteksi 2 antivirus tersebut menggunakan teknik yang sama.Smadav bisa dikatakan sudah mampu mendeteksi 90% virus yang menyebar di Indonesia, ini karena virus yang menyebar di Indonesia kebanyakan adalah virus lokal dan beberapa virus luar yang sangat populer (misalnya Conficker, Sality, Alman, & Virut). Jadi hanya dengan Smadav saja, komputer Anda sudah sangat sulit terinfeksi virus, tapi tidak ada salahnya jika Anda tetap menggunakan satu antivirus impor gratis (Avast, AVG, atau Avira) sebagai lapisan pengamanan tambahan untuk komputer Anda. Tim Smadav lebih menyarankan Avast karena selain gratis, bahkan Avast lebih baik daripada antivirus berbayar lainnya yang notabene sangat mahal.
Walaupun Smadav dapat digabungkan dengan sempurna bersama Antivirus lain dalam satu komputer, akan ada beberapa kendala yang terjadi pada Smadav. Berikut ini adalah kendala-kendalanya :
- Smadav akan gagal di-install pada beberapa Antivirus yang mendeteksi Smadav sebagai Virus, saat ini ada 2 antivirus yang salah mendeteksi Smadav sebagai virus, yakni Kaspersky dan Rising AV. Solusinya adalah dengan menambahkan Smadav ke daftar pengecualian antivirus tersebut (misalnya : trusted zone pada Kaspersky)
- Smadav tidak akan mendeteksi virus yang sudah dideteksi antivirus lain tersebut.
- Proses scanning Smadav yang awalnya cepat akan menjadi sama lambatnya dengan Antivirus tersebut karena Antivirus tersebut akan ikut melakukan scanning ketika Smadav melakukan scanning.
data/informasi yang disimpan di hardisk menjadi beresiko terserang virus dan malware atau sejenisnya yang mampu mengganggu bahkan merusak komputer itu sendiri. Berikut petikan gitar
dari Roger Thompson selaku Chief Security Officer dari 
